早在明朝，為防御東南沿海的倭寇，中國就將釣魚島列入防區(qū)。1561年(明嘉靖四十年)，明朝駐防東南沿海的最高將領(lǐng)胡宗憲主持、鄭若曾編纂的《籌海圖編》一書，明確將釣魚島等島嶼編入“沿海山沙圖”，納入明朝的海防范圍內(nèi)。1605年(明萬歷三十三年)徐必達等人繪制的《乾坤一統(tǒng)海防全圖》及1621年(明天啟元年)茅元儀繪制的中國海防圖《武備志·海防二·福建沿海山沙圖》，也將釣魚島等島嶼劃入中國海疆之內(nèi)。
清朝不僅沿襲了明朝的做法，繼續(xù)將釣魚島等島嶼列入中國海防范圍內(nèi)，而且明確將其置于臺灣地方政府的行政管轄之下。清代《臺灣府志》及黃叔璥編寫的《臺海使槎錄》等官方文獻詳細記載了對釣魚島的管轄情況。1871年（清同治十年）刊印的陳壽祺等編纂的《重纂福建通志》卷八十六將釣魚島列入海防沖要，隸屬臺灣府噶瑪蘭廳(今臺灣省宜蘭縣)管轄。1872年，周懋琦編纂的《全臺圖說》中也對釣魚島進行了描述。